وبالنسبة للباطنية في العصر الحديث فقد استمرت سلسلة الباطنية وأئمتها وانقسمت إلى فرقتين: فرقة تسمى البهرة والآغاخانية وهؤلاء موجودون في الهند في منطقة من مناطق اليمن تُسمى جبل حراز وما حوله، وأيضاً في جنوب الجزيرة العربية في بعض القبائل، وهؤلاء يسمون بـالإسماعيلية أو الآغاخانية، على أساس أن الآغاخانية هذه أو البهرة هؤلاء مختلفون هم وبقية الإسماعيلية فيمن هو الإمام؟
فطائفة تقول: إن الإمام هو نزار وتسمى النزارية، وطائفة تقول الإمام: هو المستعلي وتسمى المستعلية، وهذا الآغاخان الذي حدثتكم عنه زعيمهم الذي في باريس، وزعيمهم هذا من تلك الطائفة، وهو لا يزال موجوداًَ إلى اليوم، وطائفته لها وجود كبير في كينيا كما يوجدون في الهند وبعض الدول الأفريقية، وأيضاً أخذوا ينشرون بدعهم وعقائدهم في الدول الأوروبية والأمريكية.
و ظهرت أيضاً فرق باطنية حديثة منها البهائية وأصل البهائية من تأثير رجل يُسمى أحمد الأحسائي حيث أنه أولاً أسس فرقة تُسمى الشيخية؛ لأن الرافضة كانوا يسمونه الشيخ أحمد فأسس فرقة اسمها الشيخية، ومن الشيخية وجدت البهائية والبابية، وهي منتشرة في كثير من بلاد العالم، وتقرءون عنها في هذه الأيام كثيراً، ومقرها في عكا في أرض فلسطين المحتلة، فتحت رعاية اليهود ينتشرون ويعيشون.
ومن الطوائف -أيضاً- التي لا تزال موجودة وهي معروفة لكم جميعاً طائفة الدروز، والدروز يتفقون مع الباطنية في الباطن وفي التأويل، ويزيدون عنهم القول بالتناسخ وهو في العقيدة البوذية القديمة، وهو القول بأن الأرواح تتناسخ، وإنكار البعث، وينفردون عنهم بالقول بأن الحاكم بأمر الله الخليفة -كما يُسمى- العبيدي هو إلههم، وهذا مما يميزهم، ولهم كتبهم الخاصة بهم ودينهم ومعابدهم الخاصة بهم.
وأيضاً من الفرق الباطنية المعروفة: الفرقة المسماة: بـالعلوية، وهي في الحقيقة اسمها الحقيقي النصيرية، وإنما سمتهم الدولة العثمانية العلي إلاهية، حيث كانوا يسمونهم العلي إلاهية أي الذين يقولون: إن علياًً إلههم، ثم حرفت إلى العلوية وهم طائفة كبيرة ومشهورة ومعروفة في بلاد الشام وأيضاً يوجدون في تركيا فهذه هي لمحة عن واقع الفرق الباطنية اليوم، وهم -كما أسلفت- يقولون: إننا في دور خمول الآن -هم بدور تقية- لأن الأمر لا يستطيعون أن يظهروه ولا أن يكشفوه.